幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代

　　明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——

突然，圣波尔图的阿米莉亚海军舰艇遭到袭击。 这是因为太空殖民地国家托瓦桑加发起了“雷孔吉斯塔”行动，旨在返回地球。 当来自地球内外的四股力量聚集在圣波尔图，每个力量都主张自己的权利并提出意见时，艾达决