一艘隶属美国的核潜艇在关岛附近消失，后经日本方面证实该潜艇已因事故遇难，而防卫军在调查过程中竟然还在海底发现巨大生物的存在。与此同时，新泻妙高山、鹿儿岛池田湖、小笠原诸岛等地接连发生强烈的地震和人员伤

在一次偶然的情况下，大雄（小原乃梨子 配音）与多啦A梦（大山羡代 配音）穿过秘密通道时空圈，闯进一个森林中古代文明的国度——玛雅王国，他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥（绪方惠美 配音），迪奥是玛雅王国